Kobo’nun ihanetine maruz kalarak kendi ırkından büyük kayıplar yaşayan Sezar, ilk filmde insanlığın affetmeye niyetli olmadığını fark eder ve savaşa hazırlık yapmaya başlar. “Maymunlar Cehennemi: Savaş,” serisinin üç yıl sonraki bölümünde, Sezar’ın liderliğindeki maymunlar zorlu bir savaşın içine çekilir. Sezar, savaşı istemese de barışı seçmeye çalışsa da, insanlık adına savaşan acımasız Albay, maymunları yok etmek için her türlü yöntemi kullanır. Ancak Sezar, Albay karşısında boyun eğmeye niyetli değildir. İki taraf arasındaki çatışma giderek tırmanırken, Sezar’ın liderliğindeki maymunlar, hayatta kalma mücadelesi verirken aynı zamanda özgürlükleri için savaşırlar. Albay’ın zalimce taktikleri ve Sezar’ın direnişi arasındaki çatışma, her iki ırkın kaderini belirleyecek bir yüzleşmeye dönüşür. Maymunlar ve insanlar arasındaki bu çekişmenin sonunda hangi tarafın kazanacağı, iki ırkın geleceğini belirleyecektir.