Kuzey Kutbu’nun derinliklerinde, günün son ışıkları buzul bloklarının üzerinde solgun bir parıltı yaratırken, bu huzur verici görüntü bir tehlikenin varlığını işaret edebilir. Kaptan Pengu, ailesi ve dostlarıyla birlikte yaşadığı bu muazzam doğanın hızla değiştiğini ve buzul bloklarının her geçen gün eridiğini gözlemliyor. Bu dramatik değişim, Kaptan Pengu’yu yavru penguenlere çevre bilincini aşılamak ve doğa sevgisini öğretmek için harekete geçirmeye yönlendiriyor. Ancak, bir gün, en yakın dostu kutup ayısı Putuk’un eriyen bir buzulun üzerine düştüğünü ve denize kapıldığını öğrenir. Bu üzücü haber, Kaptan Pengu’yu derinden etkiler ve hemen harekete geçerek Putuk’u aramaya başlar. Fakat, karmaşık su akıntıları nedeniyle izini kaybeder ve umutsuzluğa kapılır. Tam bu noktada, hayvanlar konseyinden gelen bir mektup tüm dengeleri değiştirir. Mektubun asıl alıcısı Pelik olmasına rağmen, Pelik’in kaybolmuş olması nedeniyle mektup yanlışlıkla Kaptan Pengu’ya ulaşır. Mektubu okuyan Kaptan Pengu, hem arkadaşlarını hem de doğayı kurtarmak için büyük bir maceraya atılma kararı alır. Yanına Misket ve Mandalina’yı da alarak, dört cesur dost, hem sevdiklerini hem de buzul bölgesini korumak için uzun ve zorlu bir yolculuğa çıkarlar, birçok tehlike ile karşılaşırlar.