Bir zamanlar karanlık gölgeler arasında hayalet gibi dolaşan efsanevi ninja ailesi Tawara’lar, artık sakin bir yaşam sürmektedir. İkinci oğulları Haru, babası Souichi ve annesi Yoko ile birlikte sıradan bir aile gibi görünmektedir. Fakat bu huzurlu ortam sonsuza kadar sürmeyecektir.
Bir yolcu gemisinde yaşanan toplu zehirlenme vakası, Tawara ailesini yeniden harekete geçirir. Gizli örgüt Nina Yönetim Bürosu’nun karanlık yüzü Majin Hamasshi, ailenin kapısını çalar ve eski günlerine geri dönmelerinin zamanı geldiğini söyler. Souichi ise ailenin güvenliğini riske atacak bir adım atmaktan çekinir.
Bu sırada dergi muhabiri Karen Ito, Tawara ailesinin sırlarını ortaya çıkarmaya karar verir. Geçmişteki gizemli olayları araştırmaya başlar ve farkında olmadan ülkeye ve Tawara ailesine yönelik büyük bir tehdidi açığa çıkarır.
Tawara ailesi için bir seçim yapma zamanı gelmiştir. Geçmişlerini ve geleceklerini dengelemek arasında sıkışıp kalmışlardır. Hangi yolu seçerlerse seçsinler, karşılarındaki gerçek tehlikeyi çözmek zorundalardır.