1950 yılında, Appalachian Dağları’nın derinliklerinde, karanlık ve gizemli bir varlık ortaya çıkmak üzereydi. Bu bölge, tarihin derin izlerini taşıyan ve doğal zorluklarla dolu bir yerdir. Paranormal Araştırma ve Savunma Bürosu’nun cesur ajanı Bobbie Jo Song ve Hellboy, burada bir görev için bulunduklarında, karşılarına çıkan şeyin sadece doğaüstü değil, aynı zamanda tarihle iç içe geçmiş bir tehdit olduğunu fark ederler. İkili, karşılarına çıkan karanlık topluluğun Crooked Man olarak bilinen, 18. yüzyılda korkunç suçlar işleyen Jeremiah Witkins’in ruhu tarafından yönetildiğini öğrenirler. Bu varlık, Hellboy’un geçmişiyle doğrudan bağlantılıdır ve ortaya çıkışı, olayları daha da karmaşıklaştırır. Hellboy ve Bobbie Jo, bu tehlikeli bölgede hayatta kalmak ve Crooked Man’in acımasız planlarını durdurmak için büyük bir savaş verirler.